Jason Brody está de férias com um grupo de amigos numa ilha tropical no Pacífico quando decidem fazer páraquedismo. Mas, cada um deles aterreçam em diferentes partes de uma ilha infestada de piratas, sendo feitos prisioneiros por um pirata chamado Vaas, a qual planejava pedir dinheiro do resgate aos pais deles, para, em seguida, vendê-los como escravos.
Jason consegue fugir do cativeiro, mas, o seu irmão mais velho Grant é morto durante a fuga. Jason é salvo por um homem chamado Dennis, que faz parte dos Rakyat, nativos da ilha que sofrem sob a influência pirata. O líder dos Rakyat, uma sacerdotisa chamada Citra, inicia Jason na sua tribo e lhe é dado tatuagens guerreiras. Em seguida parte para uma série de missões a fim de resgatar os seus amigos cativos, um por um, ao mesmo tempo que ajuda os Rakyat a retomar a ilha, ajudado às vezes pelo Dr. Earnhardt, um especialista em fungos e vários remédios nativos e drogas. Ao longo da aventura, Jason amadurece para um guerreiro temível e é admirado pelos Rakyat, apesar dos seus velhos amigos ficarem preocupados com a sua transformação num assassino, especialmente quando ele pensa em ficar na ilha para sempre.
Na sua jornada, Jason conhece o espião chamado Willis Huntley, que ajuda o rapaz a encontrar Oliver por meio de um manifesto de transporte, e Keith por meio de Buck Hughes, um pistoleiro que trabalha para Hoyt.
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